W pierwszej serii rozwój fabuły jest bardzo słaby – każdy odcinek (prócz 2 ostatnich) jest zbudowany na podstawie tego samego schematu: bohaterowie odkrywają atak Xany, przenoszą się do Lyoko, by go powstrzymać i uruchamiają powrót do przeszłości, by ukryć skutki ataku. Równocześnie Jeremie próbuje stworzyć program materializacyjny: w odcinku Okrutny dylemat tworzy wersję do jednorazowego użytku, która została "zużyta" przez Yumi; w odcinku O włos materializuje włos Aelity; w odcinku Kod: Ziemia ostatecznie kończy prace nad aplikacją i przenosi Aelitę na Ziemię, sądząc, że pozwoli to na wyłączenie superkomputera. Okazuje się jednak, że Xana zaszczepił Aelicie wirusa, który nie pozwala na to.

Druga seria [edytuj]

W drugiej serii Aelita otrzymuje ziemską tożsamość – jako Aelita Stones, kanadyjska kuzynka Odda, zamieszkuje w internacie i trafia do jednej klasy z Jeremiem. Zaczyna miewać dziwne wizje, związane z położoną w głębi lasu Pustelnią oraz Franzem Hopperem, osobą w jakiś sposób związaną z Lyoko.

Jednocześnie Jeremie stara się zwiększyć szanse grupy w walce z Xaną: projektuje pojazdy, umożliwiające szybkie poruszanie się po Lyoko, oraz program wykrywający aktywne wieże. W odcinku Nowe terytorium odkrywa nowy, piąty sektor Lyoko o nazwie Kartagina. Znajdują się tam nie tylko dane niezbędne dla usunięcia wirusa Xany, ale też nowe potwory – pełzacze i scyfozoa (starająca się odebrać Aelicie wspomnienia). W odcinku Pan Pück grupa znajduje pamiętnik Franza Hoppera, który wyjaśnia kulisy stworzenia Lyoko i odkrywa prawdziwą tożsamość Aelity. W ostatnim odcinku Xana uniezależnia się od superkomputera i zyskuje możliwość poruszania się po internecie. Aelita, poprzez odzyskanie ostatniego wspomnienia, staje się w pełni człowiekiem.

Zmienia się schemat historii opowiadanych w serialu – od odcinka Wspaniały dzień bohaterowie używają powrotu do przeszłości tylko w wyjątkowych sytuacjach, ponieważ każde jego zastosowanie wzmacnia Xanę. Pojawia się też nowy bohater – William Dunbar, rówieśnik Yumi i konkurent Ulricha do serca dziewczyny.

Trzecia seria [edytuj]

Seria trzecia rozpoczyna się odkryciem przez grupę serca Lyoko, od którego istnienia zależy los całego wirtualnego świata. Xana początkowo usiłuje je zniszczyć, a gdy ta strategia nie przynosi rezultatów, kilkakrotnie przejmuje kontrolę nad Aelitą i za jej pośrednictwem niszczy poszczególne sektory Lyoko. Stworzenie przez Jeremiego programu materializującego członków grupy bezpośrednio na terenie Kartaginy rozwiązuje ten problem. Okazuje się także, że Aelita zyskała nową broń – kule energii. Mimo to walka z Xaną staje się coraz trudniejsza. W odcinku Ostatnia runda członkowie grupy decydują się przyjąć pomoc Williama. Chłopak, ignorując rady członków grupy i chcąc się wykazać, zostaje opętany przez Xanę, który wykorzystuje Williama do zniszczenia sektora piątego i przerwania procesu sprowadzania na Ziemię Franza Hoppera (zainicjowanego przez Aelitę na początku odcinka). Nie wszystko jest jednak stracone – na komputer Jeremiego przychodzi wiadomość od Franza Hoppera.

Czwarta seria [edytuj]

Seria czwarta rozpoczyna się od odkrycia przez Jeremiego i Aelitę sposobu na odbudowę Lyoko oraz nowej strategii Xany, który za pośrednictwem Williama stara się wrzucić Aelitę do cyfrowego morza. W odcinku Dubler chłopak projektuje nowe wyposażenie dla członków grupy (w tym skrzydła dla Aelity) i tworzy klona Williama, by rozwiązać kwestię nieobecności opętanego przez Xanę chłopaka. W odcinku Skidbladnir zostaje stworzona łódź podwodna, umożliwiająca podróże po cyfrowym morzu. Dzięki statkowi odkryte zostają nowe gatunki potworów (piranie, rekiny, kalmary, kolos) oraz repliki-kopie poszczególnych sektorów Lyoko. Głównym zadaniem grupy staje się odkrywanie kolejnych replik i niszczenie odpowiedzialnych za ich istnienie superkomputerów (umożliwia to stworzony przez Jeremiego mechanizm teleportacji członków grupy). W odcinku Zimny Pot Xana dzięki zsumowanej mocy wszystkich replik tworzy nowego, potężnego potwora – kolosa, który w kolejnym epizodzie niszczy Skidbladnira. Jeremiemu udaje się sprowadzić prawdziwego Williama na Ziemię. W przedostatnim odcinku serii Xana zostaje pokonany, ale za cenę życia Franza Hoppera. W ostatnim odcinku Jeremie za zgodą grupy wyłącza superkomputer.